Война с механоидами закончилась перемирием. Земля под контролем машин, и бывший адмирал Зеро, потерявший семью, командует буксиром. Его судно атакует пиратский корабль по прозвищу «Тень смерти», и Зеро проигрывает бой.

Позже выясняется, что пират — капитан Харлок. Командование поручает Зеро поймать легендарного преступника. Ему дают старый линкор «Кария» и команду из людей и механоидов. Под флагом Независимого Флота Зеро отправляется на поиски по всей Галактике.

Бывший адмирал служит новому приказу, хотя его прошлое осталось на войне. Команда на борту неоднородна, и доверия между людьми и механоидами нет. Погоня за Харлоком ведёт Зеро через обломки прежних сражений и спорные территории перемирия.