Холодный вечер. Аянэ Исудзу выходит на очередное задание. Она — одна из немногих оставшихся Хранителей Врат, и от былой мощи организации A.E.G.I.S не осталось почти ничего. Сама Аянэ не испытывает к людям ничего, кроме отвращения, но продолжает сражаться с Захватчиками — если не ради спасения, то назло отцу.

Прошло тридцать два года после первого поражения захватчиков. A.E.G.I.S фактически разгромлена и действует подпольно. Внезапно Аянэ узнает: Машинный генерал и граф Дьявол возвращаются. Вместе с ними теперь загадочная девушка-призрак, чьё появление меняет привычный порядок вещей.

Аянэ и остатки организации вынуждены вновь встать на пути врага. Старые раны не зажили, но выбора не остаётся. Девушке предстоит разобраться, кто эта призрачная спутница врагов и почему она появилась именно сейчас.