Нодзоми Касуга ещё не знает, что обычный день в школе оборвётся встречей с незнакомцем. Тот переносит её в Кё — мир, повторяющий Киото эпохи Хэйан до мельчайших подробностей. Здесь клан Минамото во главе с Ёсицунэ воюет с кланом Тайра под предводительством Киёмори. Хэйкэ не брезгуют ничем: они выпускают мстительных духов, чтобы те нарушили поток земной энергии и посеяли ужас по всей стране.

Юноша оказывается воплощением Хакурю — Белого Дракона, хранителя Кё. Его силы истощены из-за присутствия злобных духов, и он не может отправить Нодзоми домой, пока не восстановит мощь. Девушке ничего не остаётся, кроме как стать Хакурю но Мико — жрицей Белого Дракона — и вступить в союз с Гэндзи.

Прошло двести лет с событий оригинальной истории и сто лет с момента окончания событий «Харуканару Токи но Нака дэ 2». Но для Нодзоми время в родном мире будто остановилось — она застряла в чужой войне, где цена ошибки — жизнь.