Кайдзю-герлз Агира, Миклас и Уиндом освоились в организации GIRLS и привыкли к обычным дням. Сражения с монстрами остались позади, и теперь их заботы больше похожи на рабочие будни, чем на битвы за выживание. Но спокойствие нарушает известие о новой разновидности Теней, которая несёт с собой разрушения.

Пока остальные готовятся к возможной угрозе, с Alien Guts начинают происходить странные изменения. Она сама не понимает, что с ней творится, и это заметно окружающим. Вторая часть истории сосредоточена на том, как девушки реагируют на неожиданный поворот, и на том, что скрывается за переменами в их товарище.