В год Всеобщего летоисчисления 0079 Земная Федерация и Княжество Зеон вели Войну за независимость. Во время одной из стычек пилот Зеона Чар Азнабль проник на вражескую базу и похитил прототип мобильного доспеха «Гандам». С его помощью союзники Чара добились решающей победы, но сам пилот исчез вместе с красной машиной после необъяснимого происшествия, связанного с передовыми технологиями «Гандама».

Шесть лет спустя война тлеет в отдельных очагах. Аматэ Юдзуриха по прозвищу Мачу живёт с матерью на тихой космической колонии и мечтает о чём-то большем, чем подготовка к экзаменам. Её желание сбывается, когда на колонию совершает аварийную посадку «Гандам QuuuuuuX» под управлением солдат Зеона. У Мачу обнаруживается природный талант к пилотированию этой машины, и она использует его, чтобы отбиваться от Федерации. Помогает ей загадочный Сюдзи Ито на «Гандаме», похожем на тот, которым когда-то владел пропавший Чар.

Мачу не знает, что за её боями наблюдает группа энтузиастов мобильных доспехов, устраивающих парные соревновательные схватки. В поисках острых ощущений и близости с другим человеком она объединяется с Сюдзи. Вместе они оказываются втянуты в череду ожесточённых клановых боёв, за которыми скрывается конфликт куда более серьёзный, чем кажется на первый взгляд.