Мото Татикума и остальные возвращаются в строй. Девятый отдел снова собирается вместе, хотя после прошлых событий в их статусе были сомнения. В Японии множатся киберпреступления, и их связывают с таинственной группой, которую называют «Синдром одиночки». Тем временем страна оказывается перед угрозой военного конфликта из-за наплыва беженцев.

Отдел выходит на след группировки «Индивидуальные одиннадцать» — её участники действуют поодиночке, но их действия складываются в общий рисунок. Расследование переплетается с политическими интригами и вопросами о том, кто на самом деле управляет ситуацией. Куруцу продолжает манипулировать обстоятельствами, а Мотоко всё чаще сталкивается с последствиями прошлых решений.

Второй сезон углубляет тему границ между личностью и системой. Беженцы становятся источником напряжения, а «Индивидуальные одиннадцать» оказываются лишь верхушкой более сложной схемы. Действия героев всё сильнее упираются в бюрократические преграды и чужие интересы, и каждый шаг отдела меняет расстановку сил.