Ра-Зефон

Аято Камина живёт в Токио 2015 года, хотя сам не замечает, как город изменился. В один из дней его пытаются похитить люди в форме, но на выручку приходит женщина по имени Харука Сито. Она говорит, что послана организацией TERRA, и что Токио уже три года запечатан во временном разрыве: здесь время идёт втрое медленнее, чем снаружи. Аято не верит, сбегает и в поезде снова натыкается на одноклассницу Рэйку Мисиму.

Она ведёт его в Зал Ра — место под городом, где лежит гигантское яйцо. Из него вылупляется долем, гуманоидная машина, которую называют Ра-Зефон. Вскоре появляется мать Аято, управляющая долемом, и вступает в бой с силами TERRA. В ходе схватки она получает ранение, и Аято видит её голубую кровь — такую же, как у существ, которых называют Мю. Вместе с Харукой он покидает Токио.

Мир за пределами разрыва живёт своей жизнью, но война с Мю давно идёт. TERRA видит в Аято пилота Ра-Зефона и надеется использовать его как оружие. Сам Аято пытается понять, кто он, что такое его мать и почему город, в котором он вырос, оказался ловушкой. Постепенно выясняется, что его память, музыка и связь с Рэйкой связаны с происходящим сильнее, чем кажется.