Субару Хосикава учится в пятом классе. Его отец пропал при катастрофе на орбите, и с тех пор мальчик живёт с матерью, стараясь не думать о прошлом. Однажды он находит странный сигнал, который оказывается существом по имени Уор-Рок, прибывшим с планеты FM. Инопланетянин говорит, что знает об отце Субару, но объяснять ничего не спешит.

Уор-Рок нужен другим пришельцам, и за ними начинают охоту. Чтобы защитить себя, Субару соглашается на слияние с Уор-Роком. Так он получает способность превращаться в Мегамена — радиоволнового воина, который может перемещаться по Волновой дороге, соединяющей весь мир через эфир. В этой форме он сталкивается с вирусами и существами, которые проникают в обычную жизнь людей через радиоволны.

В 220X году технологии радиоволн стали основой цивилизации, и Волновая дорога заменила людям интернет. Но у этого прогресса есть обратная сторона: угрозы теперь приходят не из космоса, а из самого эфира. Субару приходится разбираться, кому из инопланетян можно верить, а кто просто использует его в своих целях.