Сакко Отори, Римия Цукисиро и Тоси зачислены в специальный класс «Элементы» частной академии на острове Эношима. Им предстоит пилотировать Вектор-машины — боевые аппараты, работающие на эмоциях пилотов, — и отражать атаки таинственных Мифических зверей. В разгар первого боя Сакко, подчиняясь странному видению, выкрикивает команду слияния, и три машины соединяются в гигантского робота Аквариуса.

Сражения перемежаются с бытом академии, где подростков готовят к роли пилотов. Вскоре выясняется, что за нападениями стоит организация «Космическое яйцо», и планы взрослых простираются дальше защиты острова. Герои начинают подозревать, что их чувства — не просто топливо для машин, а ключ к чему-то большему, связанному с их прошлыми жизнями.

Действие разворачивается на фоне солнечного побережья Сёнана, но идиллия быстро даёт трещину. Вопросы о природе слияний, о том, почему именно эти трое оказались в центре событий, и о цене, которую придётся заплатить за использование Аквариуса, нависают над каждым вылетом. Ответы, возможно, скрыты в воспоминаниях, которые герои пока не готовы принять.