2199 год. Экипаж «Ямато» возвращается к Земле с технологией Космореверс, способной очистить планету от радиации. Союз с жителями Искандера заключен, гамилусианский конфликт формально урегулирован. Дорога домой кажется спокойной, но у границ Большого Магелланова Облака линкор неожиданно атакует отряд чужих кораблей. Неизвестные действуют не так, как привыкшие к войне гамилусиане, и каждая их атака заставляет судно отклоняться от курса.

Столкновение на окраине облака оборачивается для экипажа встречей с тем, о чем на Земле не знали даже из докладов разведки. Пришельцы не требуют переговоров, они преследуют цель, о которой можно только догадываться. Ответный огонь «Ямато» не решает проблемы: новые враги ведут себя так, словно для них гибель собственных кораблей — часть плана. Командиру Судзуму и его людям приходится принимать решения на ходу, не имея полных данных о противнике.

Фильм держится на противостоянии, в котором цена ошибки — потеря не только корабля, но и последнего шанса для всей человеческой цивилизации. Однако в центре сюжета не столько битва, сколько вынужденная остановка в пути, когда каждый член экипажа смотрит на свою миссию иначе, чем раньше.