Югио! Тёмная сторона измерений

Юги Муто и его друзья окончили второй класс старшей школы. Прошло полгода с тех пор, как Фараон покинул этот мир, и теперь перед ними встаёт вопрос выбора будущего. Юги пытается привыкнуть к новой жизни, но прошлое не отпускает.

Сэто Кайба не смирился с уходом Фараона. Он заново собирает «Головоломку тысячелетия», надеясь вернуть душу соперника, и одновременно разрабатывает систему виртуальных дуэлей, которая должна изменить индустрию. Его планам мешает Аигами — загадочный человек, преследующий собственные цели, связанные с той же Головоломкой.

Фильм уводит героев в новые конфликты, где привычные правила дуэлей оказываются под вопросом. В центре событий — старые знакомые и новые угрозы, которые заставляют Юги вспомнить о том, что значит быть хранителем.