Бато, бывший напарник Мотоко Кусанаги, продолжает службу в Девятом отделе. Вместе с Тогусой он берётся за дело о гиноидах, которые убивают людей и стирают собственную память. Один из андроидов перед уничтожением успевает обратиться к Бато с просьбой, и это заставляет его копать глубже, чем предполагает стандартная процедура.

Производство гиноидов идёт вразрез с законами о робототехнике, и следы ведут к корпорации Локус Солус. Бато приходится действовать в одиночку, когда поддержка отдела оказывается недостаточной. Вопросы, которые поднимает дело, касаются не только технических неполадок, но и того, что считать душой в машине. Расследование всё больше напоминает разговор с призраком, которого рядом уже нет.