Земля торжествует, чествуя «Ямато» и его экипаж после недавних побед, но на этом фоне в ряды корабля вливается новое поколение новобранцев. К ним присоединяются два новых корабля поддержки, которыми командуют Юки Мори и Сиро Санада. Не все в экипаже согласны с методами и прошлыми решениями капитана Сусуму Кодая, и напряжение нарастает. Во время шестимесячной учебной миссии и дипломатической встречи с гамиланцами выясняется, что их родная планета гибнет, а Абердт Деслер притворяется покорным деспотичной планете Галман, чтобы ускорить спасение своего народа.

Истинная цель Деслера — захватить контроль над Галманом, но в момент начала переселения неизвестная колоссальная сила атакует переселенцев и искажает планету-близнеца Искандар, родину королевы Старши. Узнав о катастрофе, Кодай вопреки приказам направляет флот к Искандару, чтобы помочь выжившим беженцам. Гамиланцы сталкиваются с самым серьёзным испытанием за свою историю, и теперь судьба двух народов оказывается в руках экипажа «Ямато», который вынужден действовать на свой страх и риск.