В 3199 году экипаж «Ямато» сталкивается с последствиями событий, оставшихся после миссии 2205 года. Земной флот пытается удержать контроль над ситуацией, но угроза, нависшая над колониями, оказывается серьёзнее, чем предполагало командование. Старые союзники и новые противники вынуждают корабль снова выйти за пределы известного космоса, а цена каждой ошибки растёт с каждым световым годом.

Главный герой продолжает нести груз решений, принятых в прошлом, и теперь от него зависит не только судьба экипажа, но и будущее целых миров. Враг действует не напрямую, а через тщательно выстроенные интриги, и «Ямато» приходится действовать на опережение, даже когда это означает нарушение приказов. На кону — существование человечества, и каждый манёвр может стать последним.

Студия studio MOTHER сохраняет знакомую атмосферу серии, но добавляет больше напряжённости в межличностные конфликты и политические манёвры. Экшен сочетается с драматическими паузами, где персонажи вынуждены делать неудобный выбор. Лента рассчитана на зрителей, знакомых с предыдущими частями, и продолжает их сюжетные линии без лишних объяснений для новичков.